W przedstawionym stanie faktycznym podatnik podpisał umowę o dofinansowanie przez Polską Agencję Rozwoju Przedsiębiorczości projektu realizowanego w ramach Sektorowego Programu Operacyjnego "Wzrost konkurencyjności przedsiębiorstw" (SPO-WKP). Istota udzielonego wsparcia polega na refundacji 50 % poniesionych kosztów projektu, natomiast wypłata następuje dopiero po zaakceptowaniu przez instytucję wdrażającą raportu końcowego z realizacji projektów. Do chwili dokonania wypłaty dotacji podatnik ponosi 100 % kosztów związanych z realizacją projektu, natomiast po dokonaniu wypłaty dotacji udział środków podatnika w całkowitych kosztach realizacji projektu wynosi 50 %. Wymienione środki nie stanowią przychodu w rozumieniu przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.

Zdaniem podatnika do czasu otrzymania dotacji przedsiębiorca ma prawo zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów prowadzonej działalności 100 % poniesionych kosztów związanych z realizacją projektu, a z chwilą faktycznego otrzymania wsparcia dokonać korekty składanych wcześniej deklaracji podatkowych.

Przepis art. 21 ust. 1 pkt 47c ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (tekst jedn. Dz. U. z 2000r. Nr 14 poz. 176 z późn. zm.) zwalnia od podatku dochodowego kwoty otrzymane od agencji rządowych, jeżeli agencje te otrzymały środki na ten cel z budżetu państwa.W myśl art. 23 ust. 1 pkt 56 cyt. ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych za koszty uzyskania przychodów nie uznaje się wydatków i kosztów bezpośrednio sfinanso-wanych z dochodów (przychodów), o których mowa w art. 21 ust. 1 pkt 46, 47a, 47c, 47d, 116, i 122.W świetle ww. przepisów środki otrzymane w ramach zawartej umowy wsparcia od Polskiej Agencji Rozwoju Przedsiębiorczości korzystać będą ze zwolnienia od podatku dochodowego, natomiast wydatki i koszty sfinansowane tymi środkami nie będą stanowiły kosztów uzyskania przychodów prowadzonej działalności gospodarczej. A zatem w przypadku, gdy dotacja otrzymana przez podatnika korzysta ze zwolnienia od podatku dochodowego od osób fizycznych, na podstawie art. 21ust.1 pkt 47c przedmiotowej ustawy, to wydatki i koszty bezpośrednio sfinansowane z tej dotacji nie będą stanowiły kosztów uzyskania przychodów. W związku z powyższym wydatki pokryte z własnych środków zaliczone w momencie ich poniesienia do kosztów uzyskania przychodów, z chwilą otrzymania dotacji, stosownie do art. 23 ust.1 pkt 56 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, należy wyłączyć w części pokrytej otrzymaną dotacją z kosztów uzyskania przychodów, czyli wyksięgować z kosztów działalności gospodarczej.