Miejsce świadczenia (opodatkowania) usług w przypadku wewnątrzwspólnotowych usług transportu towarów określone zostało w art. 28 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54 poz. 535 ze zm.). Zgodnie z przepisem art. 28 ust. 1, w przypadku transportu towarów, którego rozpoczęcie i zakończenie ma miejsce odpowiednio na terytorium dwóch różnych państw członkowskich - miejscem świadczenia tej usługi jest miejsce, gdzie transport towarów się rozpoczyna, z zastrzeżeniem ust. 3.

W art. 28 ust. 3 cyt. ustawy o VAT postanowiono, że w przypadku gdy nabywca usługi, o której mowa w ust. 1, podał dla tej czynności świadczącemu wewnątrzwspólnotową usługę transportu towarów numer, pod którym jest zidentyfikowany na potrzeby podatku lub podatku od wartości dodanej na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium państwa członkowskiego rozpoczęcia transportu, miejscem świadczenia usługi jest terytorium państwa członkowskiego, które wydało nabywcy ten numer.

Ciężar zobowiązania podatkowego spoczywa na podatniku - odbiorcy usługi w kraju, który wskazał dla tej usługi jako miejsce swojej rejestracji. Przewoźnik z Polski (usługodawca), nie jest zobowiązany do rejestracji i zapłaty VAT ani w Polsce, ani też w kraju Unii.

Sprzedaży tej nie wykazuje w deklaracji podatkowej, lecz podatek naliczony od tej sprzedaży podlega odliczeniu lub zwrotowi. Na podstawie art. 86 ust. 8 pkt 1 ustawy o VAT, podatnik ma również prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, o której mowa w ust. 2, jeżeli importowane lub nabyte towary i usługi dotyczą : dostawy towarów lub świadczenia usług przez podatnika poza terytorium kraju, jeżeli kwoty te mogłyby być odliczone, gdyby czynności te były wykonywane na terytorium kraju, a podatnik posiada dokumenty, z których wynika związek odliczonego podatku z tymi czynnościami.

Natomiast kwestię zwrotu różnicy podatku reguluje art. 87 ust. 4 pkt 2 w związku z ust. 5 ustawy, który stanowi, że na umotywowany wniosek podatnika złożony wraz z deklaracją podatkową, kwota różnicy podatku podlega zwrotowi w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia, ulega podwyższeniu, jeżeli podwyższenie tej kwoty jest uzasadnione kwotą podatku naliczonego, o której mowa w cyt. wyżej art. 86 ust. 8 pkt 1. Z kolei w ust. 5 art. 87 postanowiono, że na umotywowany wniosek, podatnikom dokonującym dostawy towarów lub świadczenia usług poza terytorium kraju i niedokonującym sprzedaży opodatkowanej przysługuje zwrot kwoty podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 8 pkt 1 w terminie określonym w ust. 4 tj. w terminie 60 dni.

Mając powyższy stan prawny na uwadze organ podatkowy uważa, że kwota podatku naliczonego związanego z nabyciem towarów i usług dotyczących świadczonych usług transportowych, podlega zwrotowi w terminie 60 dni.