Zgodnie z art. 3 ust. 1 ustawy z dnia 26.07.1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz.U. Nr 14, poz. 176 z późno zm.), osoby fizyczne, jeżeli mają miejsce zamieszkania na terytorium Rzeczpospolitej Polskiej, podlegają obowiązkowi podatkowemu od całości dochodów bez względu na miejsce położenia źródeł przychodów (nie ograniczony obowiązek podatkowy). Kwestie obowiązku podatkowego nierezydenta reguluje zaś art. 3 ust. 2a cytowanej ustawy, w myśl którego, osoby fizyczne, jeżeli nie mają na terytorium Rzeczpospolitej Polskiej miejsca zamieszkania, podlegają obowiązkowi podatkowemu tylko od dochodów z pracy wykonywanej na terytorium Rzeczpospolitej Polskiej na podstawie stosunku służbowego lub stosunku pracy, bez względu na miejsce wypłaty wynagrodzenia, oraz od innych dochodów osiąganych na terytorium Rzeczpospolitej Polskiej (ograniczony obowiązek podatkowy). Ustawodawca przy tym wskazał, że zgodnie z art. 4a powyższej ustawy, przepis art. 3 ust. 2a stosuje się z uwzględnieniem umów w sprawie zapobieżenia podwójne, mu opodatkowaniu, których stroną jest Rzeczpospolita Polska.

Zatem w stosunku do osób podlegających nieograniczonemu obowiązkowi podatkowemu w kontekście złożonego zapytania, zastosowanie będą miały przepisy ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych wraz z całym katalogiem zwolnień przedmiotowych wskazanych w przepisie art. 21 w/w. ustawy.Natomiast w przypadku przychodów uzyskiwanych na terytorium Polski przez nierezydenta podlegającego ograniczonemu obowiązkowi podatkowemu, uwzględnić należy również postanowienia umów w sprawie zapobieżenia podwójnemu opodatkowaniu, których stroną jest Rzeczpospolita Polska. Stąd jeżeli z treści umowy zawartej z państwem nierezydenta przebywającego w Polsce wynika, że przychody opisane w zapytaniu podlegają opodatkowaniu na terytorium Rzeczpospolitej Polskiej, wówczas zastosowanie będą miały przepisy ustawy z dnia 26.07.1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych, w tym również zwolnienia przedmiotowe uregulowane w art. 21 ust. 1 pkt 39 i 46 tejże ustawy.

Zgodnie z treścią art. 21 ust. 1 pkt 39 wolne od podatku są stypendia otrzymywane na podstawie przepisów o stopniach naukowych i tytule naukowym oraz o stopniach i tytule w zakresie sztuki oraz inne stypendia naukowe i za wyniki w nauce, których zasady przyznawania zostały zatwierdzone przez ministra właściwego do spraw szkolnictwa wyższego po zasięgnięciu opinii Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego albo przez ministra właściwego do spraw oświaty i wychowania.

Przy czym termin "stypendia naukowe" obejmuje wspieranie prac wykonywanych w ramach twórczej i badawczej działalności w dziedzinie nauki, prowadzonej bądź indywidualnie, bądź przez powołane do tego instytucje, stypendia doktorskie i habilitacyjne, związane ze zdobywaniem stopni naukowych, stypendia dla słuchaczy studiów doktoranckich, związane także ze zdobywaniem stopnia naukowego doktora itp...O naukowym charakterze stypendium winien każdorazowo decydować cel i rodzaj działalności stypendysty, nie zaś formalna nazwa stypendium

Artykuł 21 ust. 1 pkt 46 stanowi, iż wolne od podatku są dochody otrzymane przez podatnika, jeżeli:a) pochodzą od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych ze środków bezzwrotnej pomocy, w tym ze środków programów ramowych badań, rozwoju technicznego i prezentacji Unii Europejskiej i z programów NATO, przyznanych na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów zawartych z tymi państwami, organizacjami lub instytucjami przez Radę Ministrów, właściwego ministra lub agencje rządowe, w tym również w przypadkach, gdy przekazanie tych środków jest dokonywane za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do rozdzielania środków bezzwrotnej pomocy orazb) podatnik bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy; zwolnienie nie ma zastosowania do dochodów osób fizycznych, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu zleca - bez względu na rodzaj umowy - wykonanie określonych czynności w związku z realizowanym przez niego programem.

Z przepisu tego wynika iż omawiane zwolnienie adresowane jest jedynie do podatników bezpośrednio realizujących cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy. Biorąc pod uwagę, że sformułowania zawarte w pkt 46 mają szerokie znaczenie, zaś sposób przekazywania tych środków w praktyce bywa różnorodny i często zdarza się, iż beneficjent czy też bezpośredni wykonawca część prac związanych z programem pomocy nie wykonuje sam, lecz do ich wykonania i wskazuje inny podmiot (osobę fizyczną lub prawną) lub ich wykonanie powierza innemu podmiotowi (w tym swojemu pracownikowi), przyjąć należy, że ten inny podmiot opłacany jest ze środków pomocowych. Aby jednak ten inny podmiot mógł skorzystać ze wspomnianego zwolnienia, podmiot ten musi wykazać, że jego praca służy realizacji celu pomocy, zaś zapłata za wykonanie tych prac pochodzi ze środków pomocowych, tj. z rachunku dysponenta, beneficjenta, bezpośredniego wykonawcy, na którym ulokowane są wyłącznie środki pomocowe.

Naczelnik Urzędu Skarbowego podziela stanowisko Podmiotu, o ile spełnione są warunki określone powyższymi przepisami.Ponadto wyjaśnia się, że:1. stypendia doktoranckie obywateli polskich finansowane ze środków własnych Instytutu, jako zwolnione przedmiotowo z art. 21 ust. 1 pkt 39 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, nie powinny być wykazywane w informacji PIT 11/8B,2. stypendia doktoranckie obcokrajowców finansowane ze środków bezzwrotnej pomocy zagranicznej należy wykazać w PIT 11/8B, poz.78 oraz poinformować urząd skarbowy właściwy do rozliczeń tych obywateli w ich państwach,3. w zakresie potrącenia składek ZUS należy zwrócić się z zapytaniem do właściwego organu.