W rozdziale 12 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27.04.2004r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Z 2004r. Nr 97 poz. 970) określone są przypadki, w których kwota podatku naliczonego może być zwrócona jednostce dokonującej nabycia (importu) towarów lub usług finansowanego ze środków bezzwrotnej pomocy zagranicznej, oraz warunki i tryb dokonania tego zwrotu. Paragraf 27 a ust. 1 ww. rozporządzenia stanowi, iż zwrot podatku z tytułu nabycia towarów i usług lub importu towarów i usług przysługuje również podmiotom, które przed dniem 1 maja 2004r. zawarły z Agencją Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa umowy w ramach Specjalnego Programu Akcesyjnego na Rzecz Rozwoju Rolnictwa i Obszarów Wiejskich (Sapard) dotyczące refundacji ze środków Unii Europejskiej części kosztów kwalifikowanych związanych z realizacją przedsięwzięć w ramach tego programu.Ponieważ w przedmiotowej sprawie umowy pomiędzy Gminą a ARiMR zostały zawarte po 1 maja 2004r. nie mogą stanowić podstawy do wystąpienia z wnioskiem do organu podatkowego w sprawie zwrotu podatku VAT z tytułu nabycia towarów i usług.

Gmina jako osoba prawna posiadająca siedzibę na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej, wykonuje zadania publiczne służące zaspokajaniu potrzeb wspólnoty samorządowej jako zadania własne lub nałożone na gminę w drodze ustawy, wynikające z uzasadnionych potrzeb państwa jako zadania zlecone. Wszystkie zadania gmina wykonuje we własnym imieniu, czyli wspólnoty samorządowej i na własną odpowiedzialność czyli własny rachunek.W myśl art. 15 ust. 6 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz.535) nie uznaje się za podatnika organów władzy publicznej oraz urzędów obsługujących te organy w zakresie realizowanych zadań nałożonych odrębnymi przepisami prawa, dla realizacji których zostały one powołane, z wyłączeniem czynności wykonywanych na podstawie zawartych umów cywilnoprawnych.

Art. 2 ustawy z dnia 8 marca 1990r. o samorządzie gminnym (Dz. U. Nr 142, poz. 1591) stanowi iż gmina posiada osobowość prawną, wykonuje zadania publiczne w imieniu własnym i na własną odpowiedzialność. W celu wykonania zadań zgodnie z art. 9 ww. ustawy może tworzyć jednostki organizacyjne, zawierać umowy z innymi podmiotami bądź bez ograniczeń prowadzić działalność gospodarczą wykraczajacą poza zadania o charakterze użyteczności publicznej, wyłącznie w przypadkach określonych w odrębnej ustawie (o gospodarce komunalnej). Natomiast w przypadku wykonywania działalności podlegającej opodatkowaniu bezpośrednio przez samą gminę, a więc bez wyodrębnienia organizacyjnego w postaci zakładu budżetowego, jako osoba prawna obowiązana jest do uzyskania numeru NIP.

Zgodnie z pismem Ministerstwa Finansów nr OS5-065/140/2004 z dnia 29-06-2004 w zakresie podatku VAT podatnikiem co do zasady jest gmina, natomiast zgłoszenia rejestracyjnego dla celów opodatkowania podatkiem VAT oraz zgłoszenia identyfikacyjnego NIP dokonuje w jej imieniu urząd gminy. Nadmienić należy że urząd gminy i gmina nie są to pojęcia tożsame, bowiem urząd gminy to aparat przy pomocy którego wójt wykonuje zadania. Pracownicy urzędu gminy nie posiadają kompetencji samoistnych lecz wykonują je w imieniu i z upoważnienia wójta.W związku z powyższym zdaniem organu podatkowego Urząd Gminy będący podatnikiem podatku od towarów i usług nie ma prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktur wystawionych na podstawie umów zawartych przez Gminę.Natomiast Gmina nie jest zarejestrowanym podatnikiem podatku od towarów i usług w tutejszym urzędzie skarbowym i nie może rozliczać podatku naliczonego na zasadach ogólnych wyrażonych w ustawie z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54 poz. 535 z 2004r.).