W myśl art. 90 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2004 r., Nr 54, poz. 535) w stosunku do towarów i usług, które są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, podatnik jest obowiązany do odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego.

Jeżeli nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części kwot, o których mowa wyżej, podatnik może pomniejszyć kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego (art. 90 ust. 2 ustawy o VAT).

Podatnicy, którzy w poprzednim roku podatkowym nie osiągnęli obrotu, o którym mowa w ust. 3, lub u których obrót ten w poprzednim roku podatkowym był niższy niż 30.000 zł, do obliczenia kwoty podatku naliczonego podlegającej odliczeniu od kwoty podatku należnego przyjmują – zgodnie z art. 90 ust. 8 ustawy o VAT - proporcję wyliczoną szacunkowo, według prognozy uzgodnionej z naczelnikiem urzędu skarbowego, w formie protokołu. Powyższą zasadę stosuje się również, gdy podatnik uzna, że w odniesieniu do niego kwota obrotu, o której mowa w tym przepisie, byłaby niereprezentatywna. W przypadku gdy określona proporcja: 1) przekroczyła 98 % - podatnik ma prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o całą kwotę podatku naliczonego, 2) nie przekroczyła 2 % - podatnik nie ma prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego (art. 90 ust. 10 ustawy).

Z powyższych przepisów wynika, że obliczenia proporcji dokonuje podatnik. Wyliczoną proporcję podatnik uzgadnia w formie protokołu z naczelnikiem urzędu skarbowego. Prośba o oszacowanie proporcji nie znajduje uzasadnienia w obowiązujących przepisach ustawy o VAT. Przy obliczaniu proporcji należy mieć również na uwadze przepis art. 163 ust. 1 ustawy o VAT. Jeżeli w 2003 r. podatnik osiągnął obrót przekraczający kwotę 30.000 zł z tytułu wykonywania czynności, które zgodnie z przepisami ustawy podlegałyby opodatkowaniu lub nie podlegałyby opodatkowaniu, przy obliczaniu kwoty podatku naliczonego podlegającego odliczeniu zgodnie z art. 90 w okresach rozliczeniowych od maja do grudnia 2004 r. przyjmuje się proporcję, o której mowa w art. 90 ust. 3-8, wyliczoną na podstawie obrotów osiągniętych w 2003 r. z wykonywania tych czynności, uwzględniając zakres prawa do obniżenia kwoty podatku należnego, jaki wynika z ustawy. W przypadku gdy podatnik uzna jednak, że w odniesieniu do niego kwota osiągniętego w 2003 r. obrotu byłaby niereprezentatywna, stosuje się art. 90 ust. 9.