Zgodnie z § 27 a rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz. 970, zm. Dz. U. Nr 145, poz. 1541 ) zwrot podatku od towarów i usług przysługuje również podmiotom, które przed dniem 1 maja 2004 r. zawarły z Agencją Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa umowy w ramach Specjalnego Programu Akcesyjnego na Rzecz Rozwoju Rolnictwa i Obszarów Wiejskich (SAPARD) dotyczące refundacji ze środków Unii Europejskiej części kosztów kwalifikowanych związanych z realizacją przedsięwzięć w ramach tego programu.

W myśl § 27 a ust. 2 w/w rozporządzenia w przypadkach, o których mowa w ust.1 podatek wykazany na fakturze lub dokumencie celnym podlega zwrotowi w części w jakiej przypada on na wartość netto (bez podatku) towarów lub usług objętych refundacją ze środków Unii Europejskiej w rozliczeniu końcowym umowy, z tym że zwrotowi nie podlega podatek zaliczony do kosztów kwalifikowanych objętych refundacją ze środków Unii Europejskiej.

Ze stanu faktycznego przedstawionego w piśmie wynika, iż przedmiotem umowy zawartej w dniu 30.04.2004 r. z Agencją Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa z/s w Warszawie jest realizacja przedsięwzięcia polegającego na budowie dwóch hal produkcyjnych pod produkcję pieczarek. Z umowy wynika, iż podatek od towarów i usług został ujęty do kosztów kwalifikowanych objętych refundacją ze środków Unii Europejskiej.

Należy podkreślić, iż w powyższym przypadku działalnością podatnika są działy specjalne więc brak jest związku nabywanych na powyższą inwestycję towarów i usług ze sprzedażą opodatkowaną, jak również podatnik nie może skompensować tego podatku w postaci zmniejszenia swoich zobowiązań z tytułu podatku dochodowego od osób fizycznych .

Zatem biorąc pod uwagę powyższe, podatek od towarów i usług winien być zaliczony do kosztów kwalifikowanych objętych refundacją ze środków Unii Europejskiej, albowiem podatnik nie ma możliwości odzyskania go w jakikolwiek inny sposób.