W obecnym stanie prawnym pobór należności publicznoprawnych, do których uiszczenia zobowiązane są podmioty wymienione w art. 5 ust. 9b ustawy z dnia 21 czerwca 1996 r. o urzędach i izbach skarbowych (Dz. U. Nr 106, poz. 489 ze zm.), należy do kompetencji wyspecjalizowanych urzędów skarbowych (o ile nie jest właściwy inny niż urząd skarbowy organ podatkowy).

Zgodnie z art. 3 pkt 3 lit. a ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz. 926 ze zm.) przez pojęcie podatku należy rozumieć również zaliczki na podatki. Zatem organami właściwymi do ich poboru są naczelnicy wyspecjalizowanych urzędów skarbowych, jeżeli płatnikiem jest podmiot wymieniony w art. 5 ust. 9b ww. ustawy.

Zakład stanowi wyodrębnioną jednostkę podmiotu pod względem ekonomicznym i organizacyjnym. Wobec powyższego jako struktura osoby prawnej, nie może podlegać odrębnym regułom niż sama osoba prawna również z punktu widzenia przepisów o szczególnym zasięgu terytorialnym organów podatkowych, tj. art. 5 ust. 9a w zw. z art. 5 ust. 6 ustawy o izbach i urzędach skarbowych. Nie można zatem uznać, iż zakład osoby prawnej jako płatnik zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych podlega w tym zakresie innym zasadom niż jednostka macierzysta osoby prawnej. Zakład powinien odprowadzać zaliczki od wynagrodzeń osób fizycznych do wyspecjalizowanego urzędu skarbowego właściwego według swojej siedziby w sytuacji, gdy posiada status płatnika, a więc stosunek pracy nawiązuje dyrektor (osoba kierująca) zakładem. W przeciwnym razie, a więc jeśli nie wykonuje tych funkcji, zaliczki na podatek dochodowy od osób fizycznych powinny zostać odprowadzone do urzędu skarbowego właściwego według siedziby osoby prawnej (centrali). Zakład z racji posiadania statusu płatnika powinien posługiwać się własnym numerem identyfikacji podatkowej, natomiast jeśli nie wykonuje funkcji płatnika dla celów rozliczeń z tytułu obowiązków płatniczych podaje się NIP osoby prawnej.