Powstanie obowiązku podatkowego w podatku od towarów i usług zostało uregulowane w art. 6 ustawy o VAT. Zgodnie z podstawowa zasadą, określoną w ust. 1 tego artykułu, obowiązek podatkowy w podatku VAT powstaje z chwilą wydania (dostarczenia), przekazania, zamiany, darowizny towaru lub wykonania usługi, a więc z chwilą utraty swobodnego dysponowania towarem przez sprzedawcę. W następnych ustępach tego artykułu ustawodawca określił szczególne przypadki powstania obowiązku podatkowego, jednakże przepisy te nie mają zastosowania do działalności wykonywanej przez Podatnika.
Jak wynika ze złożonego zapytania Podatnik dokonuje sprzedaży na rzecz osób fizycznych, co oznacza, że zgodnie z art. 32 ust. 2 ustawy o VAT wystawia faktury tylko na żądanie tych osób, w związku z czym nie ma zastosowania przepis art. 6 ust. 4 cyt. ustawy uzależniający powstanie obowiązku podatkowego od chwili wystawienia faktury (nie później jednak niż 7 dni od dnia wydania towaru).
Reasumując: obowiązek podatkowy z tytułu dokonywanej przez Podatnika sprzedaży leków powstaje, na zasadach ogólnych, zgodnie z art. 6 ust. 1 ustawy o VAT, tj. z chwilą wydania leków nabywcy. Bez wpływu na powstanie tego obowiązku pozostaje fakt późniejszych rozliczeń dotyczących tych leków pomiędzy Podatnikiem a NFZ.