Zgodnie z wykładnią dokonaną przez Ministerstwo Finansów „wykonanie przez podatnika czynności podlegającej opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług powoduje obowiązek rozliczenia podatku według stawek obowiązujących w dniu wykonania tej czynności. Określony w przepisach moment powstania obowiązku podatkowego wskazuje na termin rozliczenia przez podatnika podatku z tytułu wykonanej czynności. Zatem w przypadku czynności podlegających opodatkowaniu tym podatkiem na podstawie ustawy z dnia 8 stycznia 1993r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. nr 11 poz. 50 z późn. zm.), które wykonane zostały przez podatników przed dniem 1 maja 2004r. dla których obowiązek podatkowy w podatku od towarów i usług powstał po dniu 30 kwietnia 2004r. – czynności te podlegają opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług według stawek obowiązujących dla tych czynności w momencie ich wykonania, tj. przed dniem 1 maja 2004r.”

Na podstawie §67 ust.1 pkt.1 lit.k rozporządzenia ministra finansów z dnia 22 marca 2002r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz.U. Nr 27 poz. 268 z późn.zm./ usługi świadczone pomiędzy gospodarstwami pomocniczymi jednostkami budżetowymi i zakładami budżetowymi w wyjątkiem usług wymienionych w poz.105 i poz. 125-128 załącznika nr 3 do ustawy oraz usług komunikacji miejskiej korzystały ze zwolnienia od podatku. Jeżeli więc podatnik wykonał przed 1 maja usługę która objętą była zwolnieniem to na fakturze dokumentującej jej wykonanie powinien wykazać tę usługę jako zwolnioną od opodatkowania podatkiem od towarów i usług.

W odniesieniu do usług rozpoczętych przed 1 maja 2004r. i zakończonych po tej dacie ale przed dniem wejścia w życie rozporządzenia ministra finansów z dnia 23 czerwca 2004r. zmieniającego rozporządzenie w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług /Dz.U. Nr. 145 poz. 1541/ wobec braku preferencji w opodatkowaniu usług świadczonych pomiędzy gospodarstwami pomocniczymi, jednostkami budżetowymi i zakładami budżetowymi usługi te podlegają opodatkowaniu stawką podstawową w wysokości 22%

Usługi rozpoczęte lub zakończone po dniu wejścia w życie cyt. powyżej rozporządzenia, świadczone pomiędzy gospodarstwami pomocniczymi jednostek budżetowych, jednostkami budżetowymi i zakładami budżetowymi z wyjątkiem usług wymienionych w poz.138 i 153 załącznika nr 3 do ustawy o VAT oraz usług komunikacji miejskiej - korzystają ze zwolnienia. Na fakturze dokumentującej ich wykonanie Podatnik powinien wykazać te usługi jako zwolnione od opodatkowania podatkiem od towarów i usług.