Zgodnie z art. 29 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) podstawą opodatkowania jest obrót. Obrotem jest kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku. Kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy. Obrotem jest także otrzymana dotacja, subwencja i inna dopłata o podobnym charakterze związana z dostawą lub świadczeniem usług.

Z pow. przepisu wynika, że podstawą opodatkowania jest również otrzymana dotacja, subwencja i inna dopłata, jeżeli jest związana z dostawą lub świadczeniem usług, co oznacza, że zostanie opodatkowana według stawki, która jest stosowana dla danego towaru lub usługi.

Jeżeli więc dotacja będzie dotyczyła usług edukacyjnych (ex 80 PKWiU), świadczonych przez placówki oświatowe, dla których ustawa o VAT przewiduje zwolnienie od podatku (poz. 7 załącznika nr 4 do ustawy), również dotacja – jeśli będzie miała wpływ na cenę tych usług – powinna być zwolniona od podatku.

Jeżeli natomiast dotacja będzie dotyczyła samej placówki oświatowej i zostanie wykorzystana na pokrycie kosztów ogólnych jej funkcjonowania jako dotacja podmiotowa – niezwiązana z ceną, nie będzie podlegała opodatkowaniu VAT. W tym przypadku szkoła nie opodatkowuje VAT kwot otrzymanych dotacji.

Zgodnie z treścią przepisu art. 90 ust. 1 – 10 podatnik jest obowiązany do odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego.

Jeżeli nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części tych kwot, podatnik może pomniejszyć kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których przysługuje prawo odliczenia.

Proporcję tę ustala się jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo odliczenia oraz czynności, w związku z którymi prawo odliczenia nie przysługuje.

Proporcję tę określa się procentowo w stosunku rocznym na podstawie obrotu osiągniętego w roku poprzedzającym rok podatkowy, w odniesieniu do którego jest ustalana proporcja.

W myśl art. 90 ust. 7 ustawy do obrotu uzyskanego z czynności, w stosunku do których nie przysługuje podatnikowi prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, wlicza się kwotę otrzymanych subwencji (dotacji) innych niż określone w art. 29 ust. 1 ustawy o VAT.