Zgodnie z art. 3 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. Nr 54, poz. 535) właściwym dla Podatnika organem podatkowym jest naczelnik urzędu skarbowego właściwy ze względu na miejsce wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, z zastrzeżeniem ust. 2. W myśl ust. 2 jeżeli czynności podlegające opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług są wykonywane na terenie objętym zakresem działania dwóch lub więcej urzędów skarbowych, właściwość miejscową ustala się dla osób prawnych oraz jednostek organizacyjnych nie mających osobowości prawnej – ze względu na adres siedziby. Z Państwa pisma wynika iż wykonywanie czynności podlegających opodatkowaniu odbywa się w miejscowościach : XX, YY, ZZ. W związku z powyższym w celu ustalenia właściwego urzędu skarbowego do rozliczenia podatku od towarów i usług będzie miał zastosowanie ust. 2 powołanego wcześniej artykułu.

Reasumując : właściwym urzędem skarbowym do rozliczania podatku od towarów i usług będzie urząd skarbowy na terenie, którego posiada spółka siedzibę czyli naczelnik urzędu skarbowego w XX.