Zgodnie z art. 146 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) w okresie do dnia 31.12.2007 r. stawka podatku VAT w wysokości 7% obowiązuje w odniesieniu do: robót budowlano – montażowych oraz remontów i robót konserwacyjnych związanych z budownictwem mieszkaniowym i infrastrukturą towarzyszącą; obiektów budownictwa mieszkaniowego i ich części z wyłączeniem lokali użytkowych. Przez roboty związane z budownictwem mieszkaniowym i infrastrukturą towarzyszącą w myśl art. 146 ust. 2 rozumie się roboty budowlane dotyczące zarówno inwestycji w zakresie obiektów budownictwa mieszkaniowego i infrastruktury towarzyszącej temu budownictwu, jak i remontów obiektów budownictwa mieszkaniowego.

Przez obiekty budownictwa mieszkaniowego zgodnie z art. 2 ust. 12 rozumie się budynki mieszkalne rodzinne stałego zamieszkania, sklasyfikowane w Polskiej Klasyfikacji Obiektów Budowlanych: 111 – Budynki mieszkalne jednorodzinne, 112 – Budynki o dwóch mieszkaniach i wielomieszkaniowe, Ex 113 – Budynki zbiorowego zamieszkania – wyłącznie: budynki kościołów i innych związków wyznaniowych, klasztory, domy zakonne, plebanie, kurie i rezydencje biskupie. Według statystycznych zasad klasyfikacyjnych w zakresie PKOB budynki mieszkalne są to obiekty budowlane, których co najmniej 50% całkowitej powierzchni użytkowej jest wykorzystywana do celów mieszkalnych. Zgodnie z art. 41 ust. 1 ustawy z dnia 11.03.2004 roku materiały budowlane są opodatkowane podatkiem VAT wg stawki 22%. Stosownie do art. 2 pkt 6 i art. 8 ust. 3 ustawy z dn. 11.03.2004 r. zarówno towary jak i usługi identyfikowane są na podstawie przepisów o statystyce publicznej. Obowiązek prawidłowego zaklasyfikowania wykonywanych czynności ciąży na podatniku.

W zawartych umowach cywilnoprawnych strony określają, co jest przedmiotem umowy sprzedaży. Jeżeli przedmiotem sprzedaży w Seminarium Duchownym jako budynku kościoła jest remont okien, lub montaż okien łącznie z materiałem usługodawcy i obrotem dla wykonawcy będzie uzgodniona kwota za wykonanie określonej usługi, a z punktu widzenia nabywcy świadczeniem głównym będzie właśnie wykonanie tej usługi, to w przypadku wykonania całego zakresu robót budowlano-montażowych można stosować jednolitą stawkę VAT od pełnej wartości tych robót w wysokości 7%. Wystawiona faktura VAT winna zawierać określenie robót budowlanych, a ponadto wskazanie z jakim obiektem są one związane i stawkę podatkową odnoszącą się do całości tej usługi.

W sytuacji, gdy podatnik podpisał z odbiorcą umowę cywilnoprawną, z której wynika uprawnienie do odrębnego rozliczenia zużytych materiałów budowlanych należy zastosować odrębne stawki podatkowe dla poszczególnych składników usługi (montaż – 7%, dostawa okien – 22%).