Zgodnie z art. 19 ust. 1 i 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 ze zm.), podatnik ma prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług, związanych ze sprzedażą opodatkowaną. Kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku określonych w fakturach stwierdzających nabycie towarów i usług, z uwzględnieniem rabatów określonych w art. 15 ust. 2 ww. ustawy, a w przypadku importu - suma kwot podatku wynikająca z dokumentu celnego.
Natomiast zgodnie z § 48 ust. 3 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 marca 2002 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 27, poz. 268 ze zm.), podstawę do obniżenia przez nabywcę kwoty podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego stanowią wyłącznie oryginały faktur lub faktur korygujących, albo ich duplikaty, o których mowa w § 49.
Jednocześnie zgodnie z art. 86 ust. 1 i 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535), podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124, w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, zaś kwotę podatku naliczonego stanowi, z zastrzeżeniem ust. 3-7, suma kwot podatku określonych w fakturach otrzymanych przez podatnika.
Ponadto zgodnie z § 14 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz. 970 ze zm.), w przypadku faktur lub faktur korygujących nie stanowią podstawy do obniżenia przez nabywcę kwoty podatku należnego, zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego dokumenty inne niż oryginały tych faktur lub faktur korygujących albo ich duplikaty.
Powyższe oznacza, iż otrzymanie duplikatu faktury jest (i było do 30.04.2004 r.) tożsame z otrzymaniem oryginału, o ile podatnik nie rozliczył wcześniej podatku naliczonego. W takim przypadku podatnik ujmuje duplikat w miesiącu jego otrzymania lub w miesiącu następnym.
Odnosząc powyższe do przedstawionego w zapytaniu stanu faktycznego stwierdzić należy, iż skoro podatnik nie rozliczył wcześniej podatku naliczonego z otrzymanych duplikatów, to w myśl art. 86 ust. 13 ww. ustawy, jeżeli podatnik nie dokonał obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego w terminach, o których mowa w ust. 10, 11, 12, 16 i 18, może on obniżyć kwotę podatku należnego przez dokonanie korekty deklaracji podatkowej za okres, w którym wystąpiło prawo do obniżenia podatku należnego, nie później jednak niż w ciągu 5 lat, licząc od początku roku, w którym wystąpiło prawo do obniżenia podatku należnego. Do uprawnienia, o którym mowa w ust. 13, stosuje się odpowiednio art. 81b Ordynacji podatkowej.