„Refakturowanie” w praktyce polega na zafakturowaniu odprzedaży usług, bez doliczenia jakiejkolwiek marży. Ceny netto jak i stawki VAT w fakturach dokumentujących odprzedaż usług dla poszczególnych nabywców są takie same jak w fakturze usługodawcy, a podatek należny jest równy podatkowi naliczonemu – do części podlegającej odprzedaży. Ponadto w „refakturze” nie można zmienić charakteru (symbolu KWiU, PKOB) tak „odsprzedawanego” towaru bądź usługi. Zatem „refakturowanie” to nic innego jak „fakturowanie” usługi świadczonej przez podatnika podatku od towarów i usług przy pomocy osoby trzeciej. Podatnik wykonujący usługę przy pomocy osoby trzeciej ma obowiązek jej refakturowania. Opodatkowaniu podlega bowiem wykonanie usługi na podstawie czynności wymienionej w art. 2 ustawy z dnia 08 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 z 1993 r. ze zm.) nawet gdy fizycznie dokonuje tego osoba trzecia.

Przy naliczaniu podatku VAT przy refakturowaniu usług budowlanych decyduje rodzaj usługi, która podlega opodatkowaniu podatkiem VAT.