Zgodnie z art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 ze zm.) załącznik Nr 2, poz. 22 świadczenie usług przez organizacje członkowskie, gdzie indziej nie sklasyfikowane (wyłącznie statutowe) - PKWiU 91 jest zwolnione z podatku od towarów i usług.

Zgodnie natomiast z art. 19 tej ustawy podatnik ma prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług związanych ze sprzedażą opodatkowaną.

A zatem podatek naliczony związany ze sprzedażą usług zwolnionych z podatku od towarów i usług nie będzie podlegał odliczeniu od podatku należnego.

Natomiast w sytuacji, gdy podatnik nie jest w stanie wyodrębnić całości lub części kwot podatku naliczonego związanych ze sprzedażą opodatkowaną lub zwolnioną podatnik może zmniejszyć podatek należny o taką część podatku naliczonego, która odpowiada procentowemu udziałowi wartości sprzedaży towarów opodatkowanych podatkiem w wartości sprzedaży ogółem, przy czym przy ustalania wartości sprzedaży nie uwzględnia się kwot podatku (art. 20 ust. 3 ustawy).

Zgodnie z art. 33 ust. 1 ustawy w przypadku gdy podatnik wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku, jest obowiazany do jego zapłaty także wówczas, gdy dana sprzedaż nie była objęta obowiązkiem podatkowym albo została zwolniona od podatku.

W sytuacji błędnego rozliczenia podatku naliczonego stowarzyszenie winno dokonać korekty deklaracji stanowiącej prawidłowe rozliczenie, a w przypadku wystawienia faktur z niewłaściwym podatkiem sporządzić dla wyeliminowania tej nieprawidłowości faktury korygujące ze wskazaniem, że można również wystawić jedną fakturę korygującą z podaniem wszystkich informacji dotyczących faktur pierwotnych, ale można to uczynić odnośnie do faktur z jednego miesiąca. Jednak taki sposób dokonania korekt faktur pierwotnych należy odnosić do faktur jeżeli dotyczą one tego samego odbiorcy.