Zgodnie z art. 2 ust. 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 ze zm.) opodatkowaniu podlega sprzedaż towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium Rzeczpospolitej Polskiej.
Obciążenie dzierżawcy nieruchomości podatkiem od nieruchomości nie jest czynnością objętą katalogiem czynności opodatkowanych z art. 2 ustawy cytowanej wyżej. Stąd brak jest podstaw do „fakturowania” go na dzierżawców nieruchomości na mocy zawartych umów między stronami.
Z załączonej przez podatnika umowy dzierżawy nie wynika, czy podatek od nieruchomości z tytułu użytkowania nieruchomości jest elementem kalkulacyjnym ceny mającym wpływ na ustalenie wielkości czynszu.
Zaznaczyć jednak należy, iż zgodnie z art. 15 ust. 1 ww. ustawy o podatku od towarów i usług podstawą opodatkowania jest obrót, czyli kwota należna z tytułu sprzedaży (w tym wypadku z tyt. dzierżawy), pomniejszona o kwotę podatku VAT. Wynika z tego, że podstawę stanowi cała opłata dzierżawna, wraz z podatkiem od nieruchomości. W przypadku, gdy wynajmujący obciąża najemcę również należnością stanowiącą równowartość podatku od nieruchomości, to kwota ta podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, ponieważ stanowi część kwoty należnej z tytułu świadczonej usługi.
Zgodnie z art. 32 ust. 1 ustwy o VAT cyt. wyżej podatnicy (...) obowiązani są wystawić fakturę stwierdzającą w szczególności sprzedaż towarów, jej datę, cenę jednostkową bez podatku, wartość sprzedaży, kwotę podatku, kwotę należności oraz dane dotyczące podatnika i nabywcy. Fakturami mogą być również, zgodnie z § 45 pkt 5 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22.03.2002 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 27, poz. 268 ze zm.) rachunki, o których mowa w art. 87-90 ustawy - Ordynacja podatkowa, które też potwierdzają dokonanie sprzedaży lub wykonanie usługi.
Z powyższego wynika, iż faktury VAT i rachunki wystawiane są tylko na potwierdzenie dokonania sprzedaży towarów lub wykonania usługi. Przekazanie lub zwrot pieniędzy należy potwierdzić innym dokumentem niż wyżej opisane np. wymienionym w przepisach o rachunkowości.
Nadmieniam, iż zgodnie z art. 14a § 1 i § 2 ustawy z dnia 29.08.1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz. 926 ze zm.) stosownie do swojej właściwości naczelnik urzędu skarbowego, naczelnik urzędu celnego, wójt (...) na pisemne zapytanie podatnika mają obowiązek udzielić pisemnej informacji o zakresie stosowania przepisów prawa podatkowego w ich indywidualnych sprawach, w których nie toczy się postępowanie podatkowe lub kontrola podatkowa albo postępowanie przed sądem administracyjnym.
Tak zakreślone ramy kompetencji ograniczają uprawnienia organów podatkowych wyłącznie do wyjaśnienia brzmienia przepisu, jego znaczenia dla poprawności rozliczenia podatków, istnienia wzajemnych relacji między poszczególnymi przepisami prawa podatkowego itp. Organ podatkowy nie może, w ramach interpretacji prawa podatkowego, dokonywać wykładni prawa cywilnego i analizować umowy zawartej między podatnikami. Dlatego podatnik sam powinien rozstrzygnąć, czy podatek od nieruchomości jest elementem kalkulacyjnym ceny, która stanowi należność za świadczoną usługę i jest obrotem w rozumieniu art. 15 ust. 1 ustawy o VAT podlegającym bezsprzecznie opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług z zachowaniem art. 32 ust. 1 ustawy o VAT, czy też nie jest elementem ceny i nie podlega opodatkowaniu podatkiem VAT.