Zgodnie z art. 43 ust. 1 pkt. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) zwalnia się od podatku od towarów i usług usługi wymienione w załączniku nr 4 do ustawy. W pozycji 10 tego załącznika wymienione są usługi świadczone przez organizacje członkowskie, gdzie indziej nie sklasyfikowane (wyłącznie statutowe), oznaczone symbolem PKWiU 91.

Spółka wodna działa na podstawie art. 164 ust. 1 ustawą z dnia 18 lipca 2001 r. Prawo wodne (Dz. U. Nr 115 poz. 1229 ze zmianami – ostatnia zmiana Dz. U. z 2004 r. Nr 96 poz. 959) i ma na celu zaspakajanie wskazanych ustawą potrzeb w dziedzinie gospodarowania wodami. Zgodnie z ust. 9 tego art. do związków spółek wodnych stosuje się odpowiednio przepisy dotyczące spółek wodnych, z tym, że prawa i obowiązki przysługujące wobec spółek wodnych staroście w stosunku do związków spółek wodnych wykonuje marszałek województwa.

Działalność związku spółek wodnych, który w ramach działalności statutowej konserwuje i obsługuje rolnicze systemy melioracyjne na rzecz spółek wodnych, wynikające z realizacji celów ustawy Prawo wodne w oparciu o składki członkowskie, w opinii tutejszego organu podatkowego korzysta ze zwolnienia od podatku od towarów i usług wynikającego z art. 43 ust. 1 pkt. 1 ww. ustawy o podatku od towarów i usług.

Rejonowy Związek Spółek Wodnych słusznie uznaje się za podatnika podatku od towarów i usług i opodatkowuje działalność gospodarczą wg właściwych stawek VAT, wywiązując się z zobowiązań podatkowych, określonych w ustawie z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług.