Zgodnie z brzmieniem art. 1 ust. 3 pkt. 2 ustawy z dnia 9 września 2000r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. Nr 86, poz. 959 z poźn. zm.) w przypadku umowy spółki za zmianę umowy - po dniu 30.04.2004r. - uważa się przy spółce kapitałowej – wniesienie lub podwyższenie wniesionego do spółki wkładu, którego wartość powoduje podwyższenie kapitału zakładowego, oraz dopłaty.

Stosownie do art. 6 ust. 1 pkt. 8 lit. b ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych podstawę opodatkowania stanowi przy zmianie umowy spółki wartość wkładów powiększających majątek spółki albo wartość, o którą podwyższono kapitał zakładowy. Przepis art. 6 ust. 9 pkt. 4 wyżej wymienionej ustawy stanowi, iż od podstawy opodatkowania odlicza się wartość wkładów do spółki lub powiększających jej majątek, wartość kapitału zakładowego lub jego podwyższenia, kwoty dopłat, kwoty lub wartość pożyczek oraz wartość rzeczy i praw majątkowych oddanych spółce do nieodpłatnego używania przez podmioty zwolnione na podstawie art. 8 pkt. 2 – 5 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych lub na podstawie przepisów odrębnych ustaw.

Odliczenie od podstawy opodatkowania o którym mowa w art. 6 ust. 9 pkt. 4 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych dotyczy zatem umowy spółki (lub jej zmiany), której wspólnikiem jest podmiot określony w art. 8 pkt. 2 – 5 tejże ustawy zwolniony od podatku od czynności cywilnoprawnych.

A zatem w sytuacji podwyższenia kapitału Spółki Akcyjnej poprzez zakup akcji przez jednostki samorządu terytorialnego, a więc podmioty zwolnione od podatku od czynności cywilnoprawnych na podstawie art. 8 pkt. 4 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych znajdzie zastosowanie odliczenie od podstawy opodatkowania o którym mowa w art. 6 ust. 9 pkt. 4 tej ustawy.

Podobnie przedstawia się sytuacja w przypadku podwyższenia kapitału przez Fundusz Celowy. Fundusz ten działa na podstawie ustawy z dnia 27 kwietnia 2001r. Prawo ochrony środowiska (Dz. U. Nr 62, poz. 627 z późn. zm.). Fundusz Y posiada na podstawie art. 400 pkt. 2 ustawy prawo ochrony środowiska osobowość prawną i jest wojewódzkim funduszem celowym w rozumieniu ustawy z dnia 26 listopada 1998r. o finansach publicznych (Dz. U. Nr 15, poz. 148 z późn. zm.). Statutowym celem funduszu jest finansowanie działalności związanej z ochroną środowiska i gospodarki wodnej w zakresie i formach określonych w ustawie Prawo ochrony środowiska.

Zgodnie z art. 6 ust. 1 pkt. 4 ustawy z dnia 15 lutego 1992r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. . Dz. U. z 2000 r. Nr 54, poz. 654 z późn. zm.) zwalnia się od podatku dochodowego od osób prawnych fundusze celowe, o których mowa w ustawie z dnia 26 listopada 1998r. o finansach publicznych , chyba że przepisy ustaw powołujących te fundusze stanowią inaczej. Przepis art. 8 pkt. 3 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych stanowi, iż zwalnia się od podatku osoby prawne, których celem statutowym jest działalność naukowa, naukowo – techniczna, oświatowa, kulturalna, w zakresie kultury fizycznej i sportu, kultu religijnego, dobroczynności, obrony narodowej, ochrony środowiska, ochrony konsumentów, ochrony zdrowia i opieki społecznej, rehabilitacji zawodowej i społecznej osób niezdolnych do pracy, jeżeli w całym roku podatkowym poprzedzającym rok, w którym powstał obowiązek zapłaty podatku od czynności cywilnoprawnych, ich dochody korzystały z całkowitego zwolnienia od podatku dochodowego oraz pod warunkiem, że przedmiotem zbycia nie jest składnik przedsiębiorstwa prowadzonego przez te osoby lub że nabycia dokonano nie dla takiego przedsiębiorstwa; zwolnienie nie dotyczy przedsiębiorstw państwowych, spółdzielni i ich związków oraz spółek.

Fundusz spełnia warunki określone w art. 8 pkt. 3 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych jest zatem stroną zwolnioną od podatku od czynności cywilnoprawnych.

Zatem w przypadku podwyższenia kapitału Spółki Akcyjnej poprzez zakup akcji przez Fundusz , a więc podmiot zwolniony od podatku od czynności cywilnoprawnych na podstawie art. 8 pkt. 3 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych znajdzie również zastosowanie odliczenie od podstawy opodatkowania o którym mowa w art. 6 ust. 9 pkt. 4 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych.