Na podstawie art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) opodatkowaniu tym podatkiem podlega m. in. odpłatna dostawa towarów, przez którą - zgodnie z przepisem art. 7 ust. 1 pkt 5 – należy rozumieć także ustanowienie lokatorskiego lub własnościowego spółdzielczego prawa do lokalu. Zgodnie z art. 19 ust. 13 pkt 10 ustawy o podatku od towarów i usług obowiązek podatkowy powstaje z chwilą otrzymania całości lub części wkładu budowlanego lub mieszkaniowego, nie później jednak niż z chwilą ustanowienia lokatorskiego lub własnościowego spółdzielczego prawa do lokalu mieszkalnego. W związku z powyższym wpłaty wkładu oraz spłaty kredytów wnoszone po 30 kwietnia 2004 r. nie podlegają opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług z uwagi na to, że są one wnoszone już po ustanowieniu spółdzielczego prawa do lokalu.
Zgodnie z art. 43 ust. 1 pkt 2 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku od towarów i usług zwolnieniu z opodatkowania podatkiem od towarów i usług podlega (z zastrzeżeniem art. 43 ust. 1 pkt 10 wspomnianej ustawy) dostawa towarów używanych, pod warunkiem że w stosunku do tych towarów nie przysługiwało dokonującemu ich dostawy prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego a także używanych budynków i budowli lub ich części, będących przedmiotem umowy najmu, dzierżawy lub innych umów o podobnym charakterze. Natomiast art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o podatku od towarów i usług przewiduje zwolnienie w zakresie podatku VAT dla dostawy obiektów budownictwa mieszkaniowego lub ich części, z wyjątkiem obiektów i ich części, które mają być zasiedlone lub zamieszkane po raz pierwszy; zwolnienie nie dotyczy części budynków przeznaczonych na cele inne niż mieszkaniowe. W przedstawionym stanie faktycznym mamy do czynienia z procesem przekwalifikowania, legalizacji pomieszczeń wspólnych, korytarzy na pomieszczenia o funkcji mieszkalnej a następnie włączenia ich do powierzchni mieszkalnej poszczególnych lokali – w drodze zmiany (aneksów) przydziałów lub umów o ustanowienie spółdzielczego lokatorskiego albo własnościowego prawa do lokalu po wniesieniu odpowiednich kwot wkładu.
Należy stwierdzić, iż wyłączenia z art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o podatku od towarów i usług możliwości skorzystania ze zwolnienia od podatku VAT dostawy używanych obiektów budownictwa mieszkaniowego lub ich części na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 2 ustawy z 11 marca 2004 r. ma zastosowanie do:

- obiektów i ich części mających być zasiedlonymi lub zamieszkanymi po raz pierwszy,
- części budynków przeznaczonych na cele inne niż mieszkaniowe.

Wspomniane ograniczenia w podanym przez Spółdzielnię stanie faktycznym wydają się nie mieć zastosowania:

- przez pierwsze zasiedlenie zgodnie z art. 2 pkt 14 ustawy o VAT rozumie się wydanie pierwszemu nabywcy lub pierwszemu użytkownikowi obiektów budownictwa mieszkaniowego lub ich części do użytkowania w wykonaniu czynności podlegających opodatkowaniu. Zdaniem tut. organu nie można w rozpatrywanym przypadku mówić o pierwszym zasiedleniu przekwalifikowanych na mieszkalne pomieszczeń wspólnych, korytarzy, bowiem pojęcia zasiedlenia czy też zamieszkania nie można ograniczać do poszczególnych odrębnych lokali mieszkalnych, gdyż bez wymienionych części wspólnych korzystanie z lokalu mieszkalnego byłoby niemożliwe. Zasiedlenie, zamieszkanie wspomnianych części wspólnych, korytarzy nastąpiło bowiem w momencie zasiedlenia lokali mieszkalnych.
- części budynków zgodnie z treścią pisma podatnika miały ulec legalizacji (zmienić funkcję na mieszkalną) przed podpisaniem aneksów powiększających powierzchnie mieszkalną lokali.

W tej sytuacji „powiększenie” powierzchni mieszkalnej będzie korzystało ze zwolnienia przewidzianego w art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535).
Przepis art. 19 ust. 21 ustawy o podatku od towarów i usług stanowi, że obowiązek podatkowy z tytułu należnych na podstawie odrębnych przepisów dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze powstaje z chwilą uznania rachunku bankowego podatnika.
Przez dotację, subwencję czy inną umowę o podobnym charakterze należy rozumieć – zgodnie z definicją zawartą w Słowniku Języka Polskiego PWN – bezzwrotną pomoc finansową udzieloną instytucji, organizacji, przedsiębiorstwu (rzadziej: osobie) w celu popierania określonej działalności. Premia termomodernizacyjna – regulowana przepisami ustawy z 18 grudnia 1998 r. o wspieraniu przedsięwzięć termomodernizacyjnych (Dz. U. Nr 162, poz. 1121 ze zm.) – jest jednym ze sposobów realizacji celów określonych w art. 1 pkt 1 tej ustawy. Na podstawie art. 6 ust. 2 w związku z art. 5 ustawy o wspieraniu przedsięwzięć termomodernizacyjnych premia taka zostaje przyznana w przypadku pozytywnej weryfikacji audytu energetycznego i polega na jej zaliczeniu na spłatę wykorzystanego przez inwestora kredytu. Zaliczenie premii na spłatę kredytu wykorzystanego przez inwestora nie następuje jednak przez umorzenie części kredytu (jak przedstawia to Spółdzielnia) a poprzez uznanie rachunku bankowego inwestora. Jednak z uwagi na to, że zgodnie z art. 29 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług podstawą opodatkowania jest otrzymana dotacja, subwencja i inna dopłata o podobnym charakterze, związana z dostawą lub świadczeniem usług a brak jest takiego związku, to otrzymanie przez spółdzielnię premii termomodernizacyjnej nie podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.