Z pisma podatnika i załączonych do niego dokumentów wynika, iż w dniu 16.10.2003 r. zawarł on umowę zlecenie ze Spółką Akcyjną... Z § 1 tej umowy wynika, iż podatnik zobowiązał się do wykonania na zamówienie w/w Spółki Akcyjnej... dzieła polegającego na obsłudze programu Phare 2000..., jako kluczowy ekspert ds. promocji zgodnie z zakresem zadań ujętym w TOR. W § 4 umowy określony został sposób ustalania wynagrodzenia oraz wskazano, iż od tego wynagrodzenia potrącony zostanie podatek dochodowy według obowiązujących przepisów.
Natomiast z § 1 aneksu nr 1 do w/w umowy wynika, iż Spólka Akcyjna... w wyniku wygranego przetargu oraz na podstawie umowy zawartej z Instytutem... w grudniu 2002 r., która została zarejestrowana w Urzędzie Komitetu Integracji Europejskiej pod nr..., jest dysponentem środków bezzwrotnej pomocy przeznaczonej na realizację części zadań (zgodnie z zakresem zadań ujętym w TOR oraz ofertą) projektu..., numer kontraktu... Z § 2 tego aneksu wynika zaś, iż realizując zadania kluczowego eksperta ds. promocji w w/w projekcie podatnik jest bezpośrednio zaangażowany w realizację przedmiotowego projektu finansowanego ze środków bezzwrotnej pomocy.
Podatnik wskazuje, iż jako osoba odpowiedzialna bezpośrednio za realizację projektu w zakresie public relations i akcji promocyjnych, jest z imienia i nazwiska wymieniony w aneksie do kontraktu (załącznik nr 1 do kontraktu nr... zawartego pomiędzy Agencją... i Instytutem...). Projekt realizowany jest pod nadzorem Agencji... i Urzędu..., a wdrażany przez konsorcjum w składzie: Instytut..., Firma A, Firma B oraz Spółka Akcyjna... Bezpośrednią realizacją projektu zajmują się eksperci kluczowi, m.in. ekspert kluczowy ds. public relations i akcji promocyjnych. Eksperci zawierają umowy na realizację projektu z jednym z konsorcjantów i umowa eksperta ds. public relations zawarta została przez podatnika ze Spólką Akcyjną...
Zdaniem podatnika w związku z przedstawionym wyżej stanem faktycznym dochody uzyskane przez podatnika na postawie umowy zlecenie z dnia 16.10.2003 r. zarówno w 2003 jak i w 2004 roku korzystają ze zwolnienia z opodatkowania zawartego w art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.

Z przeprowadzonego przez tut. organu podatkowego postępowania wyjaśniającego wynika, iż:
• środki pieniężne na realizację projektu Phare 2000... nr..., zostały przyznane Polsce na podstawie Memorandum Finansowego podpisanego pomiędzy Komisją Europejską a Rządem Polski, w ramach programu Unii Europejskiej Phare PL0008,
• Agencja..., jako agencja rządowa została upoważniona do przeprowadzenia procedury przetargowej na obsługę w/w projektu w województwie podlaskim; przetarg wygrało konsorcjum, którego liderem jest Instytut..., a jednym z partnerów Spółka Akcyjna...,
• Instytut... zawarł w dniu 29.11.2002 r. umowę z Agencją..., występując w niej jako Konsultant,
• umowa konsorcjum nie była zawarta, a jedynie na etapie opracowywania dokumentacji przetargowej występowali poszczególni członkowie konsorcjum, jak również poszczególni eksperci; warunki określone w dokumentacji przetargowej stanowią załączniki do w/w umowy (Article 2 Specjal Conditions) w postaci Annex I do Annex V,
• Instytut... zawarł w dniu 01.12.2002 r. - występując w roli liderakonsorcjum - umowę ze Spółką Akcyjną... na świadczenie usług będących przedmiotem projektu /zgodnie z punktem 1 tej umowy Spółka Akcyjna... jako partner będzie odpowiedzialna za realizację określonych usług świadczonych w ramach umowy; w umowie uregulowano szczegóły rozliczeń pomiędzy liderem a partnerem konsorcjum/,
• w/w umowa pomiędzy Spółką Akcyjną... a Instytutem... została zarejestrowana w Urzędzie Komitetu Integracji Europejskiej w Warszawie pod numerem rejestru... z dnia 28.03.2003 roku,
• z oświadczenia Urzędu Komitetu Integracji Europejskiej z dnia 07.05.2003 r. wynika, iż wszystkie płatności na podstawie projektu..., Spółka Akcyjna... będąca partnerem konsorcjum, od 1 grudnia 2002 r. realizuje z funduszy Phare,
• wynagrodzenie na podstawie umowy płacone jest Instytutowi... przez Agencję... ze środków Phare, a Instytut... zgodnie z oświadczeniem z dnia 07.05.2003 roku dokonuje płatności na rzecz Spółki Akcyjnej... z funduszy Phare,
• środki na wypłatę wynagrodzeń związanych z realizacją przedmiotowego projektu ulokowane były na rachunku bankowym służącym do wyłącznego gromadzenia środków pomocowych,
• wypłaty należności z tytułu umowy zlecenia były w 2003 roku dokonywane na rzecz podatnika ze środków Spółki Akcyjnej..., a następnie po otrzymaniu zapłat od Instytutu... dokonywano refundacji poniesionych wydatków z wydzielonego rachunku bankowego służącego wyłącznie do gromadzenia środków pomocowych dla projektu...; natomiast w roku 2004 dokonywano wypłat na rzecz podatnika wyłącznie z wydzielonego konta bankowego projektu, tj. ze środków pomocowych.

Jak stanowi art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych ( Dz. U. z 2000 r., Nr 14, poz. 176 z późn. zm. ) w brzmieniu obowiązującym w 2003 roku z opodatkowania zwolnione są dochody otrzymane przez podatnika, jeżeli:
1. pochodzą od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych ze środków bezzwrotnej pomocy, w tym ze środków programów ramowych badań, rozwoju technicznego i prezentacji Unii Europejskiej i z programów NATO, przyznanych na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów zawartych z tymi państwami, organizacjami lub instytucjami przez Radę Ministrów, właściwego ministra lub agencje rządowe, w tym również w przypadkach, gdy przekazanie tych środków jest dokonywane za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do rozdzielania środków bezzwrotnej pomocy oraz
2. podatnik bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy; zwolnienie nie ma zastosowania do dochodów osób fizycznych, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu zleca wykonanie określonych czynności w związku z realizowanym przez niego programem.
   W 2004 roku zmienił się jedynie zapis litery b) powołanego wyżej artykułu, który od dnia 01 stycznia 2004 roku brzmi:
   „podatnik bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy; zwolnienie nie ma zastosowania do dochodów osób fizycznych, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu zleca - bez względu na rodzaj umowy - wykonanie określonych czynności w związku z realizowanym przez niego programem”.

Zwolnienie z opodatkowania zawarte w powołanym wyżej przepisie /zarówno w brzmieniu obowiązującym w 2003 jak i w 2004 roku/ może być zastosowane w sytuacji, gdy spełnione zostaną łącznie dwie przesłanki, tj.:
1. środki finansowe pochodzą od podmiotów wskazanych w analizowanym przepisie i zostały przyznane na podstawie, o której mowa w tym przepisie,
2. podatnik bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy.
   Ad. 1) W przypadku, gdy wypłata wynagrodzeń jest realizowana ze środków beneficjenta pomocy, a następnie refinansowana ze środków pomocowych, wówczas wynagrodzenia te nie korzystają ze zwolnienia, gdyż środki na zapłatę nie pochodzą ze środków pomocowych, a sfinansowanie wynagrodzeń ze środków pomocowych nie stało się jeszcze faktem dokonanym. Jednakże w przypadku faktycznego zrefinansowania ze środków pomocowych wynagrodzeń, podatnik może wystąpić do właściwego urzędu skarbowego z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty
   Ad. 2) Ze zwolnienia korzystają dochody uzyskane przez osoby, które zawarły umowę z bezpośrednim beneficjentem pomocy /tj. podmiotem, który „pierwszy” otrzymał środki bezzwrotnej pomocy; również w przypadku, gdy otrzymał je za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do rozdzielania tych środków/, a przedmiot tej umowy służy bezpośredniej realizacji celu programu pomocowego /co ma miejsce w przypadku, gdy określona osoba wykonuje w ramach programu czynności o charakterze merytorycznym, a nie pomocniczym/.

Jak wynika z dokumentów źródłowych przedłożonych przez Spółkę Akcyjną... jest ona jednym z bezpośrednich wykonawców oraz dysponentem środków bezzwrotnej pomocy przeznaczonych na realizację części zadań projektu Phare 2000..., nr..., stanowiącego część programu PHARE 2000, finansowanego ze środków bezzwrotnej pomocy zagranicznej otrzymanych z Unii Europejskiej. Na podstawie umowy zlecenie zawartej ze Spółką Akcyjną... podatnik zobowiązał się jako kluczowy ekspert ds. promocji do obsługi wyżej opisanego projektu. Jest on również wymieniony w załączniku Nr 1 do Konraktu Nr... do umowy zawartej pomiędzy Agencją... i Instytutem... jako Młodszy Ekspert.
W 2003 roku należności na rzecz podatnika z tytułu umowy zlecenia były dokonywane ze środków Spółki Akcyjnej..., a następnie podmiot ten po otrzymaniu zapłat od Instytutu... dokonywał refundacji poniesionych wydatków z wydzielonego rachunku bankowego służącego wyłącznie do gromadzenia środków pomocowych dla projektu nr...
Zatem dochody uzyskane przez podatnika z tytułu umowy zlecenia w 2003 nie pochodziły ze środków pomocowych, ale ze środków Spółki Akcyjnej... Oznacza to, że płatnik zasadnie pobierał od nich zaliczkę na podatek dochodowy.
Natomiast w związku z faktem, że w okresie późniejszym nastąpiło zrefinansowanie ze środków pomocowych przedmiotowych wynagrodzeń – w rezultacie źródłem ich finansowania stały się właśnie te środki. Dlatego też w przypadku należności wypłaconych podatnikowi z tytułu umowy zlecenia w 2003 roku i opodatkowanych przez płatnika, przysługuje mu prawo wystąpienia do naczelnika urzędu skarbowego z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty.
W 2004 roku wypłaty dokonywane były wyłącznie z wydzielonego konta bankowego projektu, tj. ze środków pomocowych. Zatem przesłanki konieczne do zastosowania zwolnienia z opodatkowania zawartego w art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy zostały spełnione. Również w przypadku należności wypłaconych Pani w 2004 roku i opodatkowanych przez płatnika, przysługuje podatnikowi prawo wystąpienia do naczelnika urzędu skarbowego z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty.

Podkreślić należy, iż przewidziane w art. 75 § 1 Ordynacji podatkowej uprawnienie podatnikado złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty podatku w przypadku, gdy kwestionuje on zasadność pobrania przez płatnika podatku albo wysokość pobranego podatku, przysługuje jednak dopiero po złożeniu zeznania o wysokości osiągniętego dochodu w roku podatkowym, bowiem zgodnie z art. 73 § 2 pkt 1 Ordynacji podatkowej nadpłata dla podatników podatku dochodowego powstaje z dniem złożenia zeznania rocznego.