W myśl art. 21 ust. 1 pkt. 46 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2000 r. Nr 14, poz. 176 ze zm.) wolne od podatku dochodowego są dochody otrzymane przez podatnika, jeżeli:
a) pochodzą od rządów państw obcych organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych ze środków bezzwrotnej pomocy, w tym ze środków programów ramowych badań, rozwoju technicznego i prezentacji Unii Europejskiej i z programów NATO, przyznanych na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów zawartych z tymi państwami, organizacjami lub instytucjami przez Radę Ministrów, właściwego ministra lub agencje rządowe, w tym również w przypadkach, gdy przekazanie tych środków jest dokonane za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do rozdzielania środków bezzwrotnej pomocy oraz
b) podatnik bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy, zwolnienie nie ma zastosowania do dochodów osób fozycznych, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu zleca wykonanie określonych czynności w związku z realizowanym przez niego programem.

Zgodnie z art. 39 ust. 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych ( Dz. U. z 2000 Nr 14, poz. 176 ze zm.) w terminie do 31 stycznia roku następnego po roku podatkowym płatnicy, o których mowa w art. 31 i 33-35, w przypadku gdy nie dokonują rocznego obliczenia podatku, są obowiązani przekazać podatnikowi i urzędowi skarbowemu, którym kieruje naczelnik urzędu skarbowego właściwy według zamieszkania podatnika, imienne informacje o wysokości dochodu oraz potrąconych przez płatnika w roku podatkowym składek na ubezpieczenie emerytalne, rentowe i chorobowe, o których mowa w art. 26 ust. 1 pkt. 2 lit. b), składki na ubezpieczenie zdrowotne pobranej w roku podatkowym przez płatnika i składki na ubezpieczenie zdrowotne odliczonej, z zastrzeżeniem art. 27b ust. 1 pkt. 2 i ust. 2, a także należnego i pobranego podatku PIT-11.

Z przedstawionego stanu faktycznego z załączonego wniosku o rejestrację umowy o świadczenie usług nabywanych ze środków bezzwrotnej pomocy zagranicznej wynika, że dnia 15.11.2001 r. zawarła umowę z Komisją Europejską na świadczenie usługi na temat - "Zintegrowanie systemu transportu intermodalnego między krajami Unii Europejskiej i Europy Środkowo-Wschodniej INTERMODA. Ze środków pomocowych miały być finansowane wynagrodzenia pracowników bezpośrednio realizujących cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy. Do czasu otrzymania środków pomocowych wynagrodzenia pracowników były wypłacane ze środków własnych i nie korzystały te wynagrodzenia ze zwolnienia od podatku dochodowego od osób fizycznych. Faktycznie środki pomocowe wpłynęły na konto firnmy w dniu 07.08.2003 r. W momencie przekazania środków pomocowych wypłacone do tego czasu wynagrodzenia pracownikom ze środków własnych zostały w całości zrefundowane z tychże środków. Pracownicy po otrzymaniu PIT-11 za 2003 r. wystąpili do płatnika o dokonanie korekty deklaracji w związku z przysługującym im zwolnieniem z podatku dochodowego od osób fizycznych.

Ponieważ wynagrodzenie pracowników zostało w całości zrefundowane ze środków pomocowych w momencie przekazania przez Komisję Europejską firma wystawiając informację PIT-11 winna wykazać tylko pobrane zaliczki.

Ponadto organ podatkowy informuje, że zgodnie z art. 75 § 1 ustawy Ordynacja podatkowa jeżeli podatnik kwestionuje zasadność pobrania przez płatnika podatku dochodowego albo wysokość pobranego podatku, może złożyć wniosek o stwierdzenie napłaty podatku. Jeżeli podatnik nie wystąpi z takim wnioskiem w trakcie roku podatkowego, zwrot nadpłaconych zaliczek otrzyma po rozliczeniu zeznania podatkowego.