Ze stanu faktycznego przedstawionego przez stronę wynika, iż w dniu 19 maja 1998 r. XXSpecjalna Strefa Ekonomiczna Spółka Akcyjna udzieliła Spółce z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w XX zezwolenia nr ..... na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie XX Specjalnej Strefy Ekonomicznej, zwane dalej "zezwoleniem" w zakresie szczegółowo określonym w jego treści, na okres do dnia 8 sierpnia 2016 r. Nakłady inwestycyjne wnioskodawcy na terenie strefy, zgodnie z zezwoleniem winny wynieść w okresie do dnia 31 grudnia 2002 r., - 32.500.000,00 zł.Decyzją z dnia ...... 2004 r. nr .... w zw. z art. 6 ust. 1, 2 i 4 Ustawy z dnia 2 października 2003 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych ustaw (Dz. U. Nr 188 poz. 1840 ze zm) Minister Gospodarki i Pracy dokonał zmiany w/w zezwolenia w części m.in. dotyczącej rozszerzenia przedmiotu działalności Spółki objętego zezwoleniem oraz minimalnego limitu zatrudnienia pracowników na terenie Strefy. Wnioskodawca jest "innym przedsiębiorcą" w rozumieniu postanowień art. 5 ust. 2 ustawy z dnia 2 października 2003 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych innych ustaw (Dz.U. 2003 nr 188 poz. 1840 ze zm) zwanej dalej "ustawą z dnia 2.10.2003 r." Wnioskodawca wybudował na terenie strefy halę produkcyjno-magazynową, którą następnie wynajął innemu podmiotowi posiadającemu zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie strefy i faktycznie prowadzącemu taką działalność m.in. w tej hali. Nakłady na halę zostały poniesione w okresie od września 2003 r. do października 2004 r. Przedmiotowa hala została zaliczona do składników majątku wnioskodawcy.

Wątpliwości Spółki budzi fakt, czy nakłady na halę produkcyjno-magazynową wybudowaną przez wnioskodawcę na terenie Specjalnej Strefy Ekonomicznej, która następnie została wynajęta innemu przedsiębiorcy prowadzącemu działalność na terenie strefy, wchodzą w zakres kosztów inwestycji, które uznaje się za wydatki kwalifikujące się do objęcia pomocą publiczną, od których wylicza się wielkość zwolnienia od podatku dochodowego (udzielanej pomocy regionalnej) ?Zdaniem wnioskodawcy nakłady na wybudowaną przez niego halę produkcyjno-­magazynową (mimo, iż została wynajęta innemu przedsiębiorcy) wchodzą w zakres kosztów inwestycji, które uznaje się za wydatki kwalifikujące się do objęcia pomocą od których następnie wyliczana jest wielkość zwolnienia od podatku dochodowego. Należy bowiem zauważyć, że zgodnie z § 7 rozporządzenia z dnia 14.09.2004 r., w przypadku przedsiębiorców, o których mowa w art. 5 ust. 2 ustawy z dnia 02.10.2003 r. (a wiec również wnioskodawcy) za koszty kwalifikujące się do objęcia pomocą uznaje się m.in. koszty inwestycji określone w § 6 ww. rozporządzenia. Zgodnie zaś z ust. 1 ww. przepisu, za wydatki kwalifikujące się do objęcia pomocą uznaje się koszty inwestycji, pomniejszone o naliczony podatek od towarów i usług oraz o podatek akcyzowy, jeżeli możliwość ich odliczeń wynika z odrębnych przepisów, poniesione w trakcie obowiązywania zezwolenia w związku z realizacją inwestycji na terenie strefy m.in. na zakup albo wytworzenie we własnym zakresie środków trwałych pod warunkiem zaliczenia ich - zgodnie z odrębnymi przepisami - do składników majątku podatnika. Koszty inwestycji w halę produkcyjno-magazynową zostały poniesione w trakcie obowiązywania zezwolenia, w związku z realizacją przez wnioskodawcę inwestycji na terenie strefy na wytworzenie we własnym zakresie środka trwałego, który został zaliczony do składników majątku wnioskodawcy, a zatem spełnione zostały wszystkie przewidziane prawem warunki do uznania tych kosztów za wydatki kwalifikujące się do objęcia pomocą, a w konsekwencji również od nich wyliczana będzie wielkość zwolnienia. Zdaniem wnioskodawcy fakt wynajęcia przedmiotowej hali innemu podmiotowi (zresztą prowadzącemu działalność na terenie strefy na podstawie udzielonego mu zezwolenia) nie ma znaczenia dla uznania kosztów inwestycji do wydatków kwalifikujących się do objęcia pomocą.

W myśl art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, wolne od podatku są dochody, z zastrzeżeniem ust. 4-6, uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych, przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami. Dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, w oparciu o właściwe zezwolenie, korzystają zatem ze zwolnienia z opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych, co stanowi formę regionalnej pomocy publicznej. Wielkość tej pomocy, tj. wysokość zwolnienia podatkowego - w przypadku przedsiębiorcy korzystającego z pomocy regionalnej z tytułu kosztów nowej inwestycji - uzależniona jest w szczególności od wielkości kosztów inwestycji kwalifikujących się do objęcia pomocą. Specyfikacja wydatków stanowiących koszty inwestycji kwalifikujące się do objęcia pomocą, znajduje się w rozporządzeniu Rady Ministrów ustanawiającym Specjalną Strefę Ekonomiczną. Zgodnie z § 6 ww. rozporządzeniem, za wydatki kwalifikujące się do objęcia pomocą uznaje się koszty inwestycji pomniejszone o należny podatek VAT oraz o podatek akcyzowy, jeżeli możliwość ich odliczeń wynika z odrębnych przepisów, poniesione po dniu uzyskania zezwolenia w związku z realizacją inwestycji na terenie strefy na: 1) zakup lub wytworzenie we własnym zakresie środków trwałych lub ich spłatę określoną w umowie leasingu lub innej umowie o podobnym charakterze (z wyłączeniem środków transportu nabywanych przez przedsiębiorcę prowadzącego działalność w sektorze transportu), pod warunkiem zaliczenia ich zgodnie z odrębnymi przepisami do składników majątku podatnika, 2) rozbudowę lub modernizację istniejących środków trwałych - zaliczone do wartości początkowej tych środków trwałych zgodnie z przepisami o podatku dochodowym.W przypadku przedsiębiorców innych niż mali i średni ww. koszty inwestycji mogą być podwyższone maksymalnie o 25%, jednak nie więcej niż o wartość poniesionych wydatków, jeżeli przedsiębiorca poniesie wydatki na wytworzenie lub zakup wartości niematerialnych i prawnych związanych z uzyskaniem patentów, licencji i know-how, o ile wartości niematerialne i prawne będą spełniały warunki przewidziane w przepisach rozporządzenia ustanawiającego strefę (§ 6 ust. 3 rozporządzenia). Jak wynika z powołanego wyżej rozporządzenia brak jest szczegółowej specyfikacji kosztów inwestycji kwalifikujących się do objęcia pomocą.Dopuszczalność pomocy publicznej w postaci zwolnienia dochodu do opodatkowania, która to wielkość wyznaczana jest przez wartość inwestycji, pozostaje zawężona do ograniczeń wynikających z § 6 ww. rozporządzenia .