Zgodnie z art.6 ust.1 ustawy z dnia 11.03.2004r. o podatku od towarów i usług przepisów w/w ustawy nie stosuje się do transakcji zbycia przedsiębiorstwa lub zakładu (oddziału) samodzielnie sporządzającego bilans.
Przedsiębiorstwem, w myśl art.55 ustawy z dnia 23 kwietnia 1964r. Kodeks cywilny, jest zorganizowany zespół składników niematerialnych i materialnych przeznaczonych do prowadzenia działalności gospodarczej i swoim zakresem obejmuje wszystko, co wchodzi w jego skład. Z przedstawionego stanu faktycznego wynika, że Podatnik zamierza wnieść do spółki jawnej aport w formie zorganizowanej części swojego przedsiębiorstwa.
W związku z powyższym zbycie w formie aportu przedsiębiorstwa lub zakładu ( oddziału ) samodzielnie sporządzającego bilans na gruncie ustawy o podatku od towarów i usług traktuje się jako czynność niepodlegającą opodatkowaniu, a w konsekwencji podatnik nie jest zobligowany do rozliczenia podatku należnego. Konieczność zwrotu podatku naliczonego z uwagi na brak prawa do jego odliczenia od towarów będących przedmiotem aportu występuje w przypadku, gdy przedmiotem aportu były środki zakupione w celu wniesienia ich (przeznaczenia) jako wkład niepieniężny (aport) do innego przedsiębiorstwa jak również w przypadku, gdy środki trwałe, wyposażenie, towary handlowe itp. wnoszone aportem nie były związane, nie służyły sprzedaży opodatkowanej prowadzonej przez przedsiębiorstwo. W świetle art. 91 ust.9 w/w ustawy o podatku od towarów i usług w rozpatrywanym przypadku tj. przy zbyciu przedsiębiorstwa, o którym mowa w art. 6 pkt 1 tejże ustawy, korekta określona w ust. 1-8 cytowanego artykułu jest dokonywana odpowiednio przez nabywcę przedsiębiorstwa lub zakładu (oddziału). Tym samym zbycie przedsiębiorstwa samodzielnie sporządzającego bilans nie skutkuje w sferze wcześniejszych odliczeń podatku dokonywanych przez podatnika – zbywcę, co pozostaje w zgodzie z zasadą neutralności VAT. Nakłada natomiast na nabywcę, jako beneficjenta praw i obowiązków zbywcy, obowiązek dokonywania stosownych korekt w zakresie podatku naliczonego, do których zobowiązany byłby również zbywca przedsiębiorstwa – w zakresie podatku naliczonego, który został częściowo odliczony przez zbywcę w oparciu o wyliczoną przez niego proporcję sprzedaży opodatkowanej do sprzedaży ogółem, czy też gdy zmianie uległo przeznaczenie towaru, od którego podatek został odliczony lub nie odliczony w całości. Zgodnie z art. 93a § 2 pkt 2 Ordynacji podatkowej , do spółki niemającej osobowości prawnej, do której osoba fizyczna wniosła na pokrycie udziału wkład w postaci swojego przedsiębiorstwa, stosuje się odpowiednio przepis art. 93a § 1 Ordynacji podatkowej , co oznacza, że spółka taka wstępuje we wszystkie przewidziane w przepisach prawa podatkowego prawa i obowiązki przekształconej osoby (sukcesja uniwersalna).
Generalne zasady odliczania podatku naliczonego wiążą prawo do takiego odliczania ściśle z osobą podatnika. Odliczyć podatek naliczony wynikający z faktury zakupu ( o ile od danego zakupu przysługuje prawo do odliczenia w świetle ustawy bądź rozporządzenia wykonawczego) może tylko zarejestrowany podatnik podatku od towarów i usług. Ponieważ Ordynacja podatkowa w przypadku sukcesji, o której mowa w art.93a § 2 pkt 2 nie zawiera żadnych dodatkowych zastrzeżeń, można stwierdzić jednoznacznie, że przedmiotem sukcesji będzie prawo do odliczania podatku naliczonego, jakie przysługiwało osobie fizycznej w związku z prowadzonym przez nią przedsiębiorstwem. Brak ograniczeń w sukcesji praw i obowiązków powoduje, iż sukcesji tej podlega również prawo do odliczania podatku naliczonego wynikającego z faktur zakupu wystawionych jeszcze przed wniesieniem przedsiębiorstwa w postaci aportu do spółki osobowej, jeżeli podatek naliczony wynikający z faktur zakupu wystawionych na osobę fizyczną dotyczył przedmiotu prowadzonej przez przedsiębiorstwo działalności gospodarczej i nie został wcześniej odliczony. Dokumenty na podstawie których następcy prawni korzystają z w/w praw nie wymagają wystawienia not korygujących.

W sytuacji gdy podatnik – osoba fizyczna- wykazała w ostatniej deklaracji VAT-7 składanej przed wniesieniem przedsiębiorstwa do spółki osobowej, podatek naliczony jako kwotę do przeniesienia na następny miesiąc, spółka osobowa , do której osoba fizyczna wniosła przedsiębiorstwo będzie mogła rozliczyć kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym pod warunkiem że nadwyżka ta dotyczy rozliczenia podatku od towarów i usług przedsiębiorstwa będącego przedmiotem aportu.