Ustawa z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym obowiązywała do 31 kwietnia 2004 r. obejmowała więc okres w którym zaistniała opisana sytuacja. Na podstawie art. 19 ust.1 cytowanej ustawy podatnik ma prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług, związanych ze sprzedażą opodatkowaną. Kradzież towarów powoduje, że ich nabycie nie zostało związane ze sprzedażą opodatkowaną, a zatem podatnikowi w świetle art. 19 ust. 1 nie przysługuje prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony przy ich nabyciu. Podobnie kwestia ta została uregulowana na gruncie ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług w art. 86 ust. 1 zgodnie z którym, w zakresie w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. W związku z powyższym Naczelnik Urzędu Skarbowego podziela stanowisko Podatnika. Skorygowany w takim przypadku podatek naliczony może zostać zaliczony do kosztów uzyskania przychodów

W wyniku powstałej szkody transportowej (kradzież towaru przewoźnikowi) przewoźnik zobowiązany jest do zapłaty odszkodowania zgodnie z ustawą z dnia 15 listopada 1984 r. – prawo przewozowe oraz ustawą z dnia 23 kwietnia 1964 r. – Kodeks cywilny. Zgodnie z art. 80 ust. 1 ustawy – Prawo przewozowe, wysokość odszkodowania za utratę lub ubytek przesyłki nie może przewyższyć wartości, którą ustala się na podstawie i w następującej kolejności : 1. ceny wskazanej w rachunku dostawcy lub sprzedawcy albo2. ceny wynikającej z cennika obowiązującego w dniu nadania przesyłki do przewozu bądź 3. wartości rzeczy tego samego rodzaju i gatunku w miejscu i czasie nadania. W myśl ust. 2 tego artykułu, w razie niemożności ustalenia wysokości odszkodowania w sposób określony w ust. 1, wysokość tę ustala rzeczoznawca. Ust. 3 w/w artykułu mówi że, w razie utraty przesyłki z deklarowaną wartością należy się odszkodowanie w wysokości deklarowanej, a w razie ubytku – w odpowiedniej części, chyba że przewoźnik udowodni, że wartość deklarowana przewyższa wartość ustaloną w sposób określony w ust. 1. Zgodnie z art. 363 § 2 ustawy – Kodeks cywilny, jeżeli naprawienie szkody ma nastąpić w pieniądzu, wysokość odszkodowania powinna być ustalona według cen z daty ustalenia odszkodowania, chyba że szczególne okoliczności wymagają za podstawę cen istniejących w innej chwili. Odszkodowanie wypłacane przez przewoźników nie stanowi zapłaty za towar (usługę), jest jedynie formą rekompensaty za wyrządzoną przez przewoźnika szkodę, nie jest objęte katalogiem czynności określonym w art. 5 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. i dlatego nie podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów u usług.

Reasumując, organ podatkowy pierwszej instancji podziela stanowisko Podatnika, iż wobec braku związku nabycia towarów, które później zostały skradzione, a czynnościami opodatkowanymi nie można obniżyć podatku należnego o VAT wynikający z ich zakupu. Z uwagi na powyższe brak jest podstaw do sporządzenia korekty podatku naliczonego w przedstawionej sytuacji.