Zgodnie z art. 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 ze zm.) opodatkowaniu podlega sprzedaż towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej oraz czynności określone w ust. 2 i 3 tego artykułu.
Z uwagi na to, że opłata manipulacyjna dotycząca skradzionego samochodu nie jest czynnością wymienioną w ww. przepisie art. 2 ustawy o VAT, tym samym nie podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. A zatem przedmiotowa należność nie powinna podlegać fakturowaniu i dlatego nie ma podstaw do odliczenia podatku naliczonego od poniesionego wydatku z tytułu utraty samochodu (§ 48 ust. 4 pkt 3 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 marca 2002 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym – Dz. U. Nr 27, poz. 268 ze zm.).
Również aktualnie obowiązująca ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) nie przewiduje opodatkowania powyższej czynności.
Ponadto należy zauważyć, iż stosownie do przepisu art. 25 ust. 1 pkt 3 cyt. wyżej ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do nabywanych przez podatnika towarów i usług, jeżeli wydatki na ich nabycie nie mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, z wyjątkiem przypadków, gdy brak możliwości zaliczenia tych wydatków do kosztów uzyskania przychodów pozostaje w bezpośrednim związku ze zwolnieniem od podatku dochodowego.
Analogiczny przepis zawarto w art. 88 ust. 1 pkt 2 aktualnie obowiązującej ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług.
Natomiast zgodnie z art. 22 ust. 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. Nr 14, poz. 176 ze zm.) kosztami uzyskania przychodów z poszczególnego ich źródła są wszelkie koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 23. Taka regulacja oznacza, ze możliwość zaliczenia określonego wydatku (kosztu), nie wyłączonego z mocy przepisu art. 23 omawianej ustawy podatkowej, do kosztów uzyskania przychodów zależna jest od wykazania przez podatnika istnienia bezpośredniego związku przyczynowego między poniesionym wydatkiem, a uzyskanym przychodem lub przychodem spodziewanym, którego osiągnięcie jawi się jako normalne następstwo tego wydatku.
Ponoszenie przez podatnika okresowych wydatków z tytułu umowy leasingu pozostawało w bezpośrednim związku przyczynowym z uzyskiwanymi i spodziewanymi przychodami tak długo, jak długo miał on obiektywną możliwość korzystania z przedmiotu tej umowy, jakim był samochód ciężarowy. Utrata tego samochodu, niezależnie od okoliczności w jakich nastąpiła, pozbawiła podatnika możliwości korzystania z przedmiotu leasingu i uzyskiwania przychodów w następstwie jego używania. Poniesiony już po utracie pojazdu wydatek będący opłatą z tytułu utraty samochodu nie sposób więc uznać za poniesioną w celu osiągnięcia przychodu opłatę z tytułu używania danego środka trwałego i w związku z tym nie może on stanowić kosztu uzyskania przychodu.
Również z uwagi na to, że poniesiony wydatek, będący opłatą z tytułu utraty samochodu, nie stanowi kosztu uzyskania przychodu, podatnikowi - stosownie do powołanych wyżej przepisów art. 25 ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 8.01.1993 r. oraz z art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 11.03.2004 r. – nie przysługuje prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony, wynikający z przedmiotowych faktur.