Dostawa używanych budynków lub ich części, korzysta ze zwolnienia z VAT, jeżeli od końca roku w którym zakończono ich budowę, minęło co najmniej 5 lat, pod warunkiem że w stosunku do tych budynków nie przysługiwało dokonującemu ich dostawy prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony. Zwolnienie dotyczy również używanych budynków i budowli lub ich części, będących przedmiotem umowy najmu, dzierżawy lub innych umów o podobnym charakterze. Jeżeli jednak przed wprowadzeniem do ewidencji środków trwałych lub w trakcie użytkowania wydatki poniesione przez podatnika na ulepszenie budynku (jego części), w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, stanowiły co najmniej 30% wartości początkowej, a podatnik miał prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony od tych wydatków oraz użytkował ten budynek (jego część) w okresie krótszym niż 5 lat w celu wykonania czynności opodatkowanych, zwolnienie nie będzie miało zastosowania (art. 43 ust. 1 pkt 2 ust. 2 pkt 1 i art. 43 ust. 6 ustawy o VAT).
Z pisma podatnika wynika, iż zostały spełnione warunki, aby dostawę używanego lokalu użytkowego w którym prowadzony był sklep uznać za towar używany, zwolniony z opodatkowania podatkiem od towarów i usług.
Jednocześnie tut. organ podatkowy informuje, iż zgodnie z zapisami w nowej ustawie, grunt jest towarem (art. 2 pkt 6 ustawy o VAT). Na podstawie art. 29 ust. 5 cyt. wyżej ustawy o VAT, w przypadku dostawy budynków lub budowli trwale z gruntem związanych albo części takich budynków lub budowli z podstawy opodatkowania nie wyodrębnia się wartości gruntu. Natomiast w myśl § 8 ust. 1 pkt 12 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz. 970 ze zm.) zwalnia się od podatku zbycie prawa wieczystego użytkowania gruntu, w przypadku dostawy budynków lub budowli trwale z gruntem związanych albo części takich budynków lub budowli, jeżeli budynki te lub budowle albo ich części są zwolnione od podatku lub opodatkowane stawką podatku w wys. 0%.
Z powołanego przepisu wynika, że w przypadku transakcji których przedmiotem jest grunt, na którym znajdują się budynki lub budowle, opodatkowaniu według właściwej stawki podlega sprzedaż budynków natomiast grunt nie stanowi samodzielnego przedmiotu takiej transakcji.
Jego wartość podwyższa wartość budynków bądź budowli. W konsekwencji, o tym czy w określonym przypadku sprzedaż taka podlega opodatkowaniu przesądza status budynków bądź budowli.
Jeżeli zatem przedmiotem transakcji jest lokal użytkowy spełniający kryteria towaru używanego, o którym mowa w art. 43 ust. 2 pkt 1 i ust. 6 ustawy to również grunt jest zwolniony z opodatkowania.
Biorąc powyższe pod uwagę dostawa (sprzedaż) lokalu użytkowego wraz z udziałem 1/100 prawa wieczystego użytkowania gruntu na którym położony jest budynek, podlegać będzie zwolnieniu z podatku od towarów na podstawie art. 43 ust. 2 pkt 1 i ust. 6 ustawy o podatku od towarów i usług.

Odpowiedź pytanie dotyczące podatku dochodowego:
Natomiast zgodnie z art. 14 ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2000 r. Nr 14, poz. 176 ze zm.) do przychodów z działalności gospodarczej zalicza się również przychody z odpłatnego zbycia wykorzystywanych na potrzeby związane z działalnością gospodarczą oraz przy prowadzeniu działów specjalnych produkcji rolnej składników majątku będących:
1.środkami trwałymi,
2.składnikami majątku, o których mowa w art. 22d ust. 1 z wyłączeniem składników, których wartość początkowa, ustalona zgodnie z art. 22g, nie przekracza 1.500 zł.,
3.wartościami niematerialnymi i prawnymiujętych w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, w tym także przychody z odpłatnego zbycia składników majątku wymienionych w lit. b), spółdzielczego własnościowego prawa do lokalu użytkowego lub udziału w takim prawie nieujętych w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, z zastrzeżeniem ust. 2c; przy określaniu wysokości przychodów przepisy ust. 1 i art. 19 stosuje się odpowiednio.
W myśl art. 24 ust. 2 powołanej ustawy dochodem z odpłatnego zbycia składników majątku, o których mowa w art. 14 ust. 2 pkt 1, wykorzystywanych na potrzeby działalności gospodarczej lub działów specjalnych produkcji rolnej, jest przychód z odpłatnego zbycia składników majątku, o których mowa w art. 14 ust. 2 pkt 1 lit. b), a w pozostałych przypadkach dochodem lub stratą jest różnica między przychodem z odpłatnego zbycia a:
1.wartością początkową wykazaną w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, z zastrzeżeniem pkt 2, powiększoną o sumę odpisów amortyzacyjnych, o których mowa w art. 22h ust. 1 pkt 1, dokonanych od tych środków i wartości lub
2.wartością wynikającą z dokumentu stwierdzającego nabycie spółdzielczego własnościowego prawa do lokalu użytkowego lub udziału w takim prawie, którego wartość początkową dla celów dokonywania odpisów amortyzacyjnych ustalono zgodnie z art. 22g ust. 10, powiększoną o sumę odpisów amortyzacyjnych, o których mowa w art. 22h ust. 1 pkt 1, dokonanych od tego prawa lub udziału w takim prawie.
Z opisu stanu faktycznego sprawy wynika, że podatnik jest właścicielem nieruchomości (lokalu użytkowego) którą zamierza sprzedać, a w chwili obecnej jest ona wykorzystywana w prowadzonej działalności gospodarczej i amortyzowana. Zatem ustalając dochód z jej sprzedaży zastosowanie będą miały przepisy art. 24 ust. 2 pkt 1, co oznacza, że dochodem ze sprzedaży będzie przychód ze sprzedaży pomniejszony o wartość początkową nieruchomości wykazaną w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, powiększony o sumę dokonanych przez podatnika odpisów amortyzacyjnych.
Zatem w podatkowej księdze przychodów i rozchodów należy ująć:
- w pozycji przychodów: wartość nieruchomości w cenie sprzedaży,
- w pozycji kosztów: niezamortyzowaną część wartości nieruchomości.